苗字が同じ二人は同一人物なのでしょうか？

衛宮士郎と琴峰士郎は別人です。琴峰四郎と衛宮四郎の二人は、ある意味ではお互いに似ていることは別にして、彼らは聖杯戦争のために2つの異なるサーヴァントになることになる二人の人であり、ある段階ではマスターでもありました＆002「衛宮四郎」＆003は、いつか「英雄的」になることになるということだけが共通しているのです。Fate/Stay Night_の第五次聖杯戦争とFate/Extraのムーンセル聖杯戦争でアーチャーとして召喚された(後者では名前が失われているが)

琴峰四郎は、Fate/Apocryphaに登場する赤派閥のマスターの一人である。アサシンの師匠であり、派閥のリーダー。しかし、彼の正体は【天草四郎時貞】(http://typemoon.wikia.com/wiki/Shirou_Emiya)

四郎の正体は、島原の乱の十代リーダーである天草四郎時貞（あまくさしろうときさだ、天草四郎時貞）。江戸時代に生まれた彼は、聖人と呼ばれるほどの奇跡の少年であった。しかし、彼がどのようにして発見されたのか、その生涯の半分は謎に包まれている。琴峰四郎 - プロフィール - アイデンティティ（第一段落）](http://typemoon.wikia.com/wiki/Archer_(Fate/stay_night)

元々は第三次聖杯戦争の際にアインツベルン家からアングラ・メインユの代わりにルーラー・サーヴァントとして召喚されたが、ナチスに大聖杯を盗まれてしまったために戦争がまともに終わることはなく、結局は[ダルニック・プレストン・ユグドミレンニア](http://typemoon.wikia.com/wiki/Playable_Archer_(Fate/Extra)のおかげで大聖杯を盗んでしまった。第三次大戦後のFate/Aprocyphaのタイムラインでは、彼は言峰理世と一緒に過ごし、言峰綺羅と共に「育てられた」。彼は後に魔道士会がユグドミレンニアから大聖杯を奪還する際に教会の側につくことを望んだ際に教会から派遣された。

アインツベルン家がアベンジャーズ級のアングラ・マインユを召喚したFate/stay nightの第三次聖杯戦争のタイムラインとは異なり、彼らは大聖杯に設置されたシステムの一つを悪用し、戦争の進行を規制する公平な権威であることを意味していたルーラー級のサーヴァントとしてシロウを連れてきた。Einzbernsは、ルーラークラスではなく、いくつかの無名の東洋の英雄にふさわしい適切な英雄的な精神を呼び出すことを望んでいた。しかし、ルーラーを召喚の行為はすでに聖杯戦争の通常の動作形式で深刻な干渉だったので、彼は彼のコマンド呪文＆002 > …

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理世琴峰はTohsakaのマスターを救出したように、士郎は彼の救助作業で彼を助けた。ダルニックが大聖杯を盗み出すことに成功したため、生き残ったのは士郎と利世であった。

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利世は戸籍を作成し、息子の「言峰天草・琴峰士郎」（言峰天草・琴峰志郎）として登録した。立命のコネで教会に入会した。琴峰四郎として八聖会に入信したが、当然のことながら理生はそこでは息子であることを認めず、友人として素直に声をかけていた。理世の息子が生まれた頃、四郎は理世との接触を意図的に減らしていた。士郎は立世の実の息子とは距離を置いたままであった。士郎が意識的に琴峰綺礼を避けるのは、士郎が義兄弟の中にある「歪み」に気づいたからである。

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魔道士協会は、彼らの関与が彼らの大義の正当性を証明させるために、教会から一人のマスターを求めることにしたように。既に大聖杯戦争-通常の聖杯戦争ではなく、7人のサーヴァント対7人のサーヴァントが発生している状況-の可能性を仮説していたこと。7人対7人のサーヴァントという異常な状況で、前のルーラーでさえ自身のサーヴァントを召喚していた状況では、大聖杯はこの戦争のルーラーであるジャンヌダルクを自動的に召喚していたが、シロウはそれすらも想定内の出来事として計算に入れていたのである。シロウは早速、聖教会から派遣された二重の調停者兼マスターとして赤の派閥に参加した。

Fate_は同じ宇宙の可能性と他のタイムラインの話で、天草四郎と発見された経緯が謎に包まれていると書かれているので、その可能性を考えると、天草四郎は記憶を消された状態で過去に送り込まれた抑止力として人々を救うために設定されているのかもしれませんし、正義のヒーローになりたいと願い、その願いを持った少年に逆転生させられたのかもしれませんね。そして彼は殺され、サーヴァントとして使われ、その過程を繰り返していました。

Fateで起こることを考えると、不可能なことはないような気がします。