シンジが飛鳥の首を絞めた理由については、「エヴァカードゲームの「キモチワルイ」の訳語」(http://www.angelfire.com/anime4/mdwigs/KimochiWarui.html)に固執していますが、他の説も受け入れています。彼の願望…それは『他者』と一緒に生きたいということだった–時として自分を拒絶し、否定さえしてしまうような他者の心。だからこそ、正気を取り戻した彼が最初にしたことは、飛鳥の首に手を回したことだった。他者』の存在を感じるために。拒絶と否定を確認するため（確かめるため）に。
しかし、なぜ飛鳥がシンジの首を絞めている時にシンジを愛撫したのか、はっきりとした説明はない。
だから、いろいろな理由が考えられる。私は、『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』や『まどか☆リベリオン』のような映画を「自作のエンディングキット」と呼んでいます。象徴主義と曖昧な台詞が常に使われていることと、自分で説明することを病的に嫌うことが相まって、基本的には自分の好きなように解釈することができるからだ。少し恥知らずな自己宣伝をさせてもらえるなら、私は最近ブログ記事を書いたでちょうどそれをやっていました。
このシーンは、映画の序盤、「インストゥルメンタリティ」のシーンにも通じるものがあり、シンジとアスカが「親しくなれなかったのは誰のせいだ」と言い争っています。このシーンをブログにまとめてみました。
[真司]が特に飛鳥に狙いを定め、夢の中のミサトの台所で孤立させ、ペンペンが見守る中、「自分のことを全く知らない」「自分のことを話さないから知らないはずがない」「何も言わないのに自分のことを知っていると思っているのは理不尽だ」という彼女の非難に応える。そこに玲が現れ、試したことはあるのかと尋ねると、真司は試したができなかったと答える。飛鳥は、自分を愛してもいない人をどうして好きになれるのかと問う。真司は、彼女が自分に優しくしてくれたら自分を好きになれるかもしれないと答え、怒って椅子を叩きつけ、彼女の首に手を巻きつけて首を絞めます。
シリーズの大部分を受動的で自己嫌悪に陥っていたシンジは、ついに怒りを覚え、他人と親しくなれない自分のことをアスカ（そして代理で彼の人生の他の人たち）のせいにします。飛鳥と玲は、シンジにも責任があるのだと、多少の正当化をして答える。
最後に、シンジは拒絶の恐怖を克服し、道具性を反転させて、人が別々に存在し、拒絶するか見捨てるかを選択できる世界に戻ることを選択します。カード訳では、シンジがアスカの首を絞め始めたのは、拒絶と否定が存在することをもう一度確認したかったからだと言われています。拒絶と否定が存在する世界に戻ることで、シンジはそれらを恐れていたことを認め、その恐怖と向き合ったのです。先ほどの飛鳥と玲の告発は事実であり、見捨てられることを恐れて人を締め出しすぎたことを告白しています。
伸二がアスカの首を絞めると、アスカは手を伸ばしてアスカを愛撫し、「拒絶と否定は再び存在するが、受容もまた存在する。そして、飛鳥は、先ほどのシーンでの真司の告発が事実であったことを告白する。飛鳥は、シンジ（そしてその代理として誰もが）を自分の心の中に受け入れることに、あらゆるレベルで抵抗していた。しかし、シンジが誰からも拒絶されることを恐れなくなった今、アスカは誰からも拒絶されないようになることを学んだ。真司は自分が誰かに受け入れられるのを待っていてはいけないことを、明日香は誰にも拒絶され続けることができないことを知っている。
飛鳥が自分を拒絶するのをやめようとしていることを知った真司は、泣き崩れる。誰かを受け入れることは、今まで抵抗してきたからこそ、気持ち悪い、外国のような、嫌な気持ちになるのだ。15話では、明日香がチェロを弾いていることを褒めてキスを迫るが、嫌悪感を装ってトイレに駆け込んで口を洗うなどして激しく拒絶する。真司は飛鳥が本気で自分に近づこうとしていたことに気付かなかったり、気付いても拒絶されるのが怖くてフォローしようとしなかったりする。
話では、継母と電話で話している姿を見たシンジが、明日香と家族のことを本気で話そうとするが、シンジが自分のシンクロ率を超えてしまったことで明日香に怒られてしまう。ヱヴァンゲリヲン新劇場版』のラストシーンで、二人は自分たちの過失を自覚し、お互いを受け入れられる人間になろうと決意する。
19年ぶりにシリーズを再放送して、「エンド・オブ・エヴァンゲリオン」を初めて見たばかりです。私の推理では、シンジは実際には衝突や痛みを避けるために反応するのではなく、アスカのために何かをしようとしているのではないかということです。最初に窒息させた時にアスカがぐったりしてシーンが終わってしまう。しかし、飛鳥の母親が飛鳥のふりをしていた人形を窒息させ、飛鳥の母親（人形）に「一緒に死んでくれ」と頼むシーンが多く見られます。飛鳥は母親に拒絶されたことに苦しめられているので、シンジが自分を窒息させたのは飛鳥のための再演であり、それが最初に起きた時から潜在的にそう望んでいたことがほのめかされています。それは彼女が本当に窒息死を望んでいたという意味ではなく、少なくとも母親は彼女に注意を払ってくれるだろうから、人形の代わりに母親が自分の首を絞めてくれたのではないかという、彼女が持っていた根深い非合理的な願望に過ぎないのです。かなりめちゃくちゃだが、それは人生の異なる発達段階から埋め込まれた不安のために人々が抱いている非合理的な欲望の非常に良いイラストだ。
鳥栖田さんの回答】★３の類推は好きなのですが、情報の一部が欠けているように思います。
インストゥルメンタリティの間、すべての存在はどんなに短い時間であっても一つになる。全員が一つの存在であることがどのようなものであるかを経験し、その一体性のために、誰もが健全な存在であることに伴う欠陥を経験しました。全員が一つになったのだから、隠すべき秘密はなかった。
飛鳥が「気持ち悪い」と言ったのは、二人が一つになっている間に、彼が自分の無意識の身体に何をしたのかを知り、知ったからである。そのため、彼を見た時に彼女が最初に言った言葉が「気持ち悪い」だったのです。