ジェミニに新たな続きがあるようには見えませんが、ネット上ではヘブンズゲート事件の時の南米を舞台にした前日譚である第3シーズンの話がたくさん出ています。
あなたの他の質問については、すべてアニメの中で答えられています。第1シーズンはシリーズを理解するための良い基礎を提供していますが、ジェミニの結論を理解するためには、OVAのセリフに注意を払う必要があり、その後、おそらくジェミニを再視聴する必要があり、その後、あなたの疑問に答えるべきです。人気のある批判とは対照的に、このシリーズは、ほとんどの人が最終的に持っているかもしれない疑問の多くに答えています。基本的に、人形はノアのアークの人気の物語のような洪水のようなものであることを想像してみてください。彼らは絶えず進化していて（どれだけ陰が変化するかに注目してください）、より高い存在（ヘブンズゲートとヘルズゲートに注目してください、それらはクールに聞こえるからというだけで使用されていませんでした）によって人間に取って代わるために送られています。
コントラクターは、失敗した人形のようなものです。彼らは人形のように合理的ですが、人間のように感情でいっぱいです。だからこそ、最も進化したドールであることが判明したインは、人間の代わりという目的を果たそうとしていたのです。これはどれもあからさまに語られたものではなく、具体的な会話から暗示されたものです（そのほとんどはOVA、特に最終回の最後の10分ほど、第1シーズンではなく第
シーズンに収録されています）。
少年が誰であるかについては、あなたがセカンドシーズンで注意すれば、赤毛の女の子は契約者である彼女の双子の弟のクローンであることがわかります。ただ、彼のクローンは男の子ではなく女の子としてクローンされているなど、完璧なものではありません。最後に登場する少年は、新世界の産みの親である陰のクローン（少年なので完璧なクローンではないことに注意）なので、最初から少年を登場させたかったのでしょう。
人類の歴史の中で次の進化の形としてドールズが人間に取って代わるというこの展開は、人間がショーの中の生き物に取って代わられることになるエルフィン・ライドや、人間の次の進化の形が人間の意識と記憶が宿る不死身のクリスタルのような形になるギルティクラウンに似ています。
説明すべきことはまだまだありますが、私はこのシリーズをしばらく見ていないので、再視聴をお勧めするだけで、あなたの疑問のほとんどが答えられることを覚えておいてください。ただ、会話のやり取りに注目して、アクションシーンにはあまり注目しないようにしましょう。追記：漫画「Darker than Black」は間違いないですね。四国の華」はシーズン1の後、OVAの前が舞台になっていて、ジェミニの代わりになるものではありません。また、漫画の中でドールの進化について少しだけ語っているので、読んでみてもいいかもしれません。