筋書きの問題ではありません。デスノートにはこれを特別にカバーするルールがあります
人間界でのデスノートの使用は、デスノート自体に名前が書かれていなくても、他の人間の寿命に影響を与えたり、本来の寿命を縮めたりすることがあります。このような場合、原因が何であれ、死神は短縮された寿命ではなく、元の寿命しか見ていないのです。
(出典:漫画8巻)
短答:* 忍神からミサがどれだけの時間を得たか、寿命が半分になったことでどれだけの時間を失ったかは関係ありません。自分の運命に関係のある人がデスノートに殺されるたびに未来が変わり、自分の寿命が再計算されます。
ミサはライトのために生きていた。ライトはデスノートによって殺された。再計算された寿命が以前より劇的に短くなっていなければおかしいのですが
ライトが死んだ翌年のバレンタインデーに死んだという事実は、ライトが死んだから自殺したことを強く示唆しています。このことは、アニメの最後にも示されています。
長い答え:デスノートで殺人者を殺すと、将来の犠牲者の命を延ばすことができるのと同じように、デスノートで人を殺すと、愛する人の命を短くすることができます。彼女の人生は強盗によって終わっていたが、デスノートによって間接的に生き続けることを許されていた。その後、彼女は長い人生を歩んでいたが、デスノートによって間接的に早死にしてしまった。"この場合、死神は原因が何であれ、元の寿命しか見ておらず、短縮された寿命は見ていません。その人の元々の寿命しか見えないのです。デスノートが間接的に寿命を縮めたとしても、その人の目に見える寿命は変わりません。デスノートが間接的に人の寿命を縮めた場合も、その人の寿命は目に見える形で伸びます(レムが美沙と再会した時に、美沙が再び寿命の半分を交換したことがわかる)。ルールLIXでは以下のようになっています。
デスノートによる人間の死は、人間界で特定の人間の元々の寿命を延ばす意図がなくても、間接的に他の人間の元々の寿命を延ばすことになります。
(出典:漫画10巻)
寿命の短縮に関するルールであるルールXLIIは、「このような場合」には竹刀が正しい寿命を見ることができないとしている唯一のルールです。寿命が延びたことについての言及は一度もありません。